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1949年大陸易幟，部份的衛理公會會友，跟隨政府播遷來台，分居全台各地。1952年初，黃安素會督偕同芮理察會督暨富品德博士來台訪問，探討本會在台展開宣教工作之可行性，返美後即向差會積極建議爭取來台宣教。1953年元月由黃安素會督、聶樹德牧師（Edward
K. Knettler），陳維屏牧師在台北自由之家，舉行開拓工作招待茶會，是為衛理公會在台之始。隨後陸續來的宣教士有穆藹仁牧師、裴敬恩醫生、樂威廉牧師等人。是年台北衛理堂正式成立，並分別在台中、台南等地開始家庭聚會。
1956年經位於美國敏尼阿剖立司（Minneapolis）之總議會，承認並批准在香港成立第一屆香港台灣臨時年議會，黃安素為首任會督，並派聶樹德牧師為台灣區教區長。1962年第七屆港台年議會會中議決台灣另組臨時年議會，與香港分開。台灣臨時年議會由十一位牧師，三位退休牧師，二位女執事，六所堂會，六所會所及會友約兩千人組成。1963年召開首屆台灣臨時年議會，由苪理查會督（Richard
C. Raines）主持。1964年第二屆台灣臨時年議會、由華納會督（Hazen
G. Werner）主持，任期四年。派穆藹仁牧師為北教區長，方大林牧師為南教區長。
1969年美國衛理公會差會協商小組，由差會主席魏克會督（Lloyd
C. Wicke）主持，會中決議自1972年美國總議會後不再差派美國會督來華，並撤回對台灣臨時年議會及有關機構之資助與宣教士。是年十二月五、六日在台北衛理堂舉行特別年議會，為使本會會友深入瞭解差會政策之改變，及教會自立自養之準備，會中推選端木愷校長出席1970年四月九日在美國大西洋城舉行之衛理公會海外機構委員會議，報告台灣教會之現狀以及對差會政策之反應與建議。
1970年第八屆台灣臨時年議會，美國衛理公會海外機構委員主席泰勒會督（Prince
A. Taylor）應邀參加，闡明自立教會之意義及今後與差會之關係。會議經慎重討論，決議向美國聯合衛理公會1972年總議會，申請紿予自立之權利。
1972年三月舉行第十屆年議會會中宣佈本會成為自立教會，劉子哲牧師當選首任會長，吳承禧當選牧職會副會長，簡鴻基當選會友會副會長。並由羅愛徒會督主持自立文件之簽證，由泰勒會督代表差會，提出自立文件，分別由劉子哲會長及年議會書記吳承禧牧師簽字。四月二日在台北衛理堂復活節晚會中，由羅愛徒會督主持會長劉子哲就職及交接禮。當此交接大典告成之際，是為我中華基督教衛理公會邁向自立自養之始。
1985年第廿二屆年議會第二次會議通過修改會長制改為會督制。並於1986年第廿三屆年議會上修訂了本會法規，通過改會長為會督，並下設牧職會長及會友會長，本會設立會督制度乃象徵在宣教上的獨立性及向華人傳講褔音的使命。當日上午，即由馬來西亞衛理公會方中南會督主持按立蕢建華牧師為本會第一任會督，並選任郝文章牧師為牧職會長、梅翰生校長為會友會長，至此本會進入另一新的里程碑。嗣後歷經牧者多年來齊心努力，至今已在全台設立了22間教會，和一所以印尼華僑為主的華恩團契，並於馬祖設立教會1間。本會在台不單著重宣教事工，對社會服務工作亦不譴餘力。如早期的生命活水診所、合作參與東海大學的設立、設立衛理女中、和參與東吳大學設校、參與發行基督教論壇報等，並於1999年9月1日設立衛理神學研究院
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